1 Library

2 import data

3 PCA UMAP cluster DE

4 DE

Pas de DE entre le cluster 2 et 4 hypothèse d’une over clusterisation mais le DE entre le cluster 5 et 8 identifie 349 gènes
Peut être refaire avec une résolution de 0.4 et non 0.5 (cf Clustree) par rapport à la segmentation de la population LY49 infectée par VV
Question : Cluster 4 vrai ou faux cluster….

5 Classify cells as G2/M, S, or alternatively G1

5.1 Visualization

6 Creat metadata

6.1 Visualization Cell cycle phase by cluster

6.2 Visualization population by cluster

7 Enrichment

7.1 Enrichment with single DE genes per cluster

## [1] 7

## [1] 8

## [1] 9

## [1] 10

7.2 Enrichment with gene DE population vs population

## [1] "DE_LY49p_CD8aa_vs_ab"    "DE_LY49p_CD8aa_vs_VV_aa"
## [3] "DE_LY49p_CD8ab_vs_VV_ab" "DE_VV_LY49p_CD8aa_vs_ab"

7.3 Enrichment with gene DE cluster vs cluster

## [1] "DE_1_vs_2"       "DE_1_vs_4"       "DE_1_vs_2_4"     "DE_0_vs_1"      
## [5] "DE_0_vs_2"       "DE_0_vs_4"       "DE_0_vs_1_2_4_7"

## [1] "DE_0_vs_7"